При определении наличия оснований для применения таможенными органами статьи 72 Закона о таможенном регулировании и начисления пеней по определенным данной нормой правилам судам необходимо учитывать, что нахождение в федеральном бюджете авансовых платежей, излишне уплаченных или взысканных таможенных платежей, превышающих по своему размеру величину произведенных декларанту доначислений, может свидетельствовать об отсутствии потерь бюджета, требующих компенсации посредством взимания пеней, если иное не следует из представленных таможенным органом доказательств, в том числе сведений таможенного органа об использовании (возврате) авансовых и таможенных платежей за соответствующие периоды начисления пеней, информации об иных причитавшихся к уплате таможенных платежах, относящихся к этому же периоду.
С учетом положений пункта 5 части 1 статьи 254 Закона о таможенном регулировании начисление пеней может быть признано необоснованным, если суд установит, что декларант добросовестно следовал письменным разъяснениям уполномоченного федерального органа исполнительной власти о применении таможенного законодательства, данным ему либо неопределенному кругу лиц, письменным консультациям, полученным декларантом от наделенных соответствующей компетенцией должностных лиц таможенных органов (статья 264 Закона о таможенном регулировании).
Поскольку взимание пеней не является мерой ответственности, суд не может уменьшить размер начисленных пеней в сравнении с размером, определенным согласно части 8 статьи 72 Закона о таможенном регулировании.